薄層色譜掃描儀的使用有時會出現(xiàn)稍許誤差，誤差包括三個方面：點樣誤差、展開誤差、定位誤差和檢測誤差。

　　采用自動點樣器，誤差可控制在0.5%，熟練的分析人員用毛細管點樣，誤差小于1.0%，若用微量樣器，誤差會大些。

　　展開誤差來自鋪板的均勻性和樣品展開效果，若采用預(yù)制的薄層板，誤差會明顯降低，采用雙波長鋸齒掃描，也能有效降低展開誤差。

　　定位誤差值斑點的位置和大小判定，擴散、脫尾等易產(chǎn)生定位誤差。檢測誤差來自光源的穩(wěn)定性、光檢測器的穩(wěn)定性以及樣品對光吸收（或熒光產(chǎn)生）的線性度等方面。為減少這些誤差，需要非常的機電系統(tǒng)，這也直接導(dǎo)致產(chǎn)品昂的價格。

　　通常情況下，薄層掃描分析的誤差在3%以下。

　　薄層數(shù)碼成像分析是利用數(shù)碼成像設(shè)備獲得薄層板上各點的光強度信息，之后對獲得圖像行分析的薄層分析。數(shù)碼成像設(shè)備包括兩種：照相機和掃描儀（由于數(shù)碼掃描儀采用逐行成像，為便于區(qū)分傳統(tǒng)薄層掃描儀的逐點掃描，將數(shù)碼掃描儀稱為逐行掃描儀）。

　　和傳統(tǒng)薄層掃描樣，照相機或逐行掃描儀都具有光檢測系統(tǒng)，它們都是將光量線性轉(zhuǎn)化為電信號的元件。不同的是，照相機和逐行掃描儀可步將電信號轉(zhuǎn)換成電腦圖像，圖像中單個點（像素）的顏色深淺反映了光的強弱。

　　因此，薄層數(shù)碼成像更接近人眼觀察檢測，結(jié)果更直觀，因此非常適合鑒別，別是中藥紋圖譜的識別。

　　薄層色譜掃描儀不僅能成普通白光照射下的成像分析，再裝配254nm或365nm紫外燈后，也可以檢測異熒光，異熒光檢測。